3-й окремий загін спеціального призначення виконував бойові та спецзавдання під час антитерористичної операції у Донецькій та Луганській областях у 2014-2017 роках, а також брав участь в обороні Маріуполя.

З початку повномасштабного вторгнення 3-й загін оперативного призначення виконує бойові завдання в Одеській, Донецькій, Луганській та Харківській областях. У населених пунктах Святогірськ, Богородичне, Соснове, Тетянівка, Долина, Стародубівка, Пискунівка, Брусівка, Діброва, Енергодар, Бахмут, Вербівка, Балаклія, Куп’янськ, Стельмахівка, Кремінна, Копанки, Роботине.

З червня по липень 2022 року виконував бойові завдання поблизу Богородичного.

З вересня 2022 року виконував бойові завдання на Харківському, Луганському, Донецькому та Запорізькому напрямках.

З серпня 2022 по січень 2023 водолазна група загону виконувала бойові завдання в підпорядкуванні ГУР МО поблизу Енергодару.